Определение гомологичных участков и компьютерное моделирование вторичной структуры индивидуальных 2'-F-модифицированных РНК-аптамеров фракций I, II и III

. Проведено хроматографическое разделение 2'-F-модифицированной РНК-библиотеки после 10-го раунда SELEX на фракции по сродству к поликлональным аутоантителам. Показано, что каждая фракция 2'-F-пиримидинсодержащей РНК-библиотеки ингибирует протеазную активность аутоантител.

. Проведено клонирование и секвенирование полученных фракций 2'-F-пиримидинсодержащей РНК-библиотеки. Проведен анализ нуклеотидных последовательностей полученных индивидуальных 2'-F-модифицированных РНК-аптамеров. Показано, что полученные РНК-аптамеры обладают гомологичными нуклеотидными последовательностями. Компьютерное моделирование вторичной структуры индивидуальных 2'-F-модифицированных РНК-аптамеров показало, что все они обладают сложной вторичной структурой. Найдены гомологичные участки, обладающие схожей вторичной структурой.

Работа поддержана грантом Мэрии г. Новосибирска молодым ученым (№ 29-08, 2008-2009) и ГК ФАНИ № 02.522.12.2005.

Автор благодарит за помощь в выполнении данной работы к.х.н. Фокину А.А., д.х.н., проф. Невинского Г.А., асп. Безуглову А.М., д.б.н. Жаркова Д.О. и ЦКП “Секвенирование ДНК” СО РАН.

Полученные результаты вошли в следующие публикации

. Тиванова А.С., Фокина А.А., Безуглова А.М., Невинский Г.А., Веньяминова А.Г. Аптамеры как перспективные инструменты бионанотехнологии для лечения и диагностики рассеянного склероза. Тезисы. Сборник тезисов научной конференции "Химическая биология - Фундаментальные проблемы бионанотехнологии" (г. Новосибирск, Россия, 10-14 июня 2009 г). С. 96.

. Фокина А.А., Тиванова А.С., Безуглова А.М., Невинский Г.А., Веньяминова А.Г. Аптамеры как потенциальные средства диагностики и лечения рассеянного склероза. Тезисы. Сборник тезисов научной конференции "Медицинская геномика и протеомика" (г. Новосибирск, Россия, 9-13 сентября 2009 г). С. 108.

. Тиванова А.С., Фокина А.А., Безуглова А.М. Аптамеры как перспективные средства доставки и лечения рассеянного склероза. Тезисы. Сборник тезисов научной конференции “Санкт-Петербургские научные чтения-2009” (г. Санкт-Петербург, Россия, 2-4 декабря 2009 г.). С. 123.

. Тиванова А.С., Безуглова А.М., Фокина А.А., Невинский Г.А., Веньяминова А.Г. Аптамеры как перспективные средства бионанотехнологии для диагностики и лечения рассеянного склероза. Тезисы докладов и стендовых сообщений. XXII зимняя молодежная научная школа "Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии" (г. Москва, Россия, 8-11 февраля 2010 г.). С.120.

. Тиванова А.С., Безуглова А.М., Фокина А.А. Аптамеры как потенциальные средства диагностики и лечения рассеянного склероза. Материалы XLVIII Международной научной студенческой конференции "Студент и научно-технический прогресс". Химия. (10-14 апреля 2010 г., Новосибирск). С.101.

. Тиванова А.С., Безуглова А.М., Фокина А.А. РНК-аптамеры как перспективные средства диагностики и лечения рассеянного склероза. Материалы Международного молодежного научного форума "Ломоносов-2010"/ Отв. Ред. И.А. Алешковский, П.Н. Костылев, А.И. Андреев, А.В. Андриянов. - М.: МАКС Пресс, 2010. (ISBN 978-5-317-03197-8) Номер статьи 58.980.15870.