Определение гомологичных участков и компьютерное моделирование вторичной структуры индивидуальных 2'-F-модифицированных РНК-аптамеров фракций I, II и III
Как было показано ранее (п. 3.4.), все полученные фракции 2'-F-модифицированной РНК-библиотеки различаются по сродству к поликлональным аутоантителам человека, больного РС. Однако, как видно из рис. 24 и 25, как клоны одной фракции, так и клоны из разных фракций обладают гомологичными участками нуклеотидной последовательности. Три из указанных ДНК-клонов (фракция II, клон 3, клон 5 и фракция III, клон 6) обладают высокой гомологичностью, а два ДНК-клона (фракция I, клон 2 и фракция III, клон 4) - более низкой гомологичностью нуклеотидных последовательностей. Присутствие гомологичных участков в последовательностях полученных клонов дает возможность предположить, что эти участки отвечают за связывание поликлональных аутоантител человека, больного РС.
Для записи нуклеотидной последовательности индивидуальных 2'-F-модифицированных РНК-аптамеров фракций I, II и III проводили замену константных участков ДНК-библиотеки в последовательности полученных ДНК-клонов на константные участки 2'-F-модифицированной РНК-библиотеки, замену тимидина на уридин и всех пиримидиновых нуклеотидов на их 2'-F-модифицированные аналоги (табл. 7).
Ранее было показано, что главную роль в связывании аптамера с мишенью играют неспаренные участки олигонуклеотида, а часть аптамера, обладающая стабильной вторичной структурой, служит для поддержания правильного расположения участков, узнающих мишень. Для определения вторичной структуры полученных индивидуальных 2'-F-модифицированных РНК-аптамеров использовали программный пакет mfold version 2.3 [92] (рис. 26, 27, 28). Цветом обозначена вероятность нахождения нуклеотидной последовательности в одноцепочечном состоянии (табл. 8). В полученных вторичных структурах индивидуальных 2'-F-модифицированных РНК-аптамеров геометрическими фигурами выделены их гомологичные участки, полученные отдельно для клонов каждой фракции .
Таблица 7. Нуклеотидная последовательность индивидуальных 2'-F-модифицированных РНК-аптамеров фракций I, II и III
|
2'-F-РНК |
Нуклеотидная последовательность |
|
Фракция I аптамер 1 |
5'-CAGACGACUCGCGCGAGUCGUCUGCACGGUAGCGAGGUGCUCUCAUUGGGAA GUUGGGUUGAGACCGCAUCGUCCUCCC- 3' |
|
Фракция I аптамер 2 |
5'-CAGACGACUCGCGCGAGUCGUCUGGCCACGGAGUUUAGGUUCCAUGUUUCCG CUGUAUGACGAUCCGCAUCGUCCUCCC- 3' |
|
Фракция I аптамер 3 |
5'-CAGACGACUCGCGCGAGUCGUCUGGGCAGCACCCGAACGAGAGCGCGAGACU GAGGAUUGCCCUCCGCAUCGUCCUCCC- 3' |
|
Фракция I аптамер 4 |
5'-CAGACGACUCGCGCGAGUCGUCUGGCGGCAGGAUCAGGAAUUGAUUAGAAG UUCUUACUCCGUUCCGCAUCGUCCUCCC- 3' |
|
Фракция II аптамер 1 |
5'-CAGACGACUCGCGCGAGUCGUCUGGCACGGGCAGGGGAUACGAGUGACGUUG GCGUCAACACUACCGCAUCGUCCUCCC- 3' |
|
Фракция II аптамер 2 |
5'-CAGACGACUCGCGCGAGUCGUCUGCAGGGGAGAGGAUAAUGUUCAGCUAGA CCGGGCUUCAAUCCCGCAUCGUCCUCCC- 3' |
|
Фракция II аптамер 3 |
5'-CAGACGACUCGCGCGAGUCGUCUGUGGGUAAACGAGGGUGGGGCAGAGAUG UACUCAGAAAACACCGCAUCGUCCUCCC- 3' |
|
Фракция II аптамер 4 |
5'-CAGACGACUCGCGCGAGUCGUCUGCACGAUAGUGGUGAGGCCGGGGCAUGUG UGGGUAUGCUUAACCGCAUCGUCCUCCC- 3' |
|
Фракция II аптамер 5 |
5'-CAGACGACUCGCGCGAGUCGUCUGCAGGGUGAACAAGGGUGGGGCAGAGAU GUACUCAGAAAACACCGCAUCGUCCUCCC- 3' |
|
Фракция III аптамер 1 |
5'-CAGACGACUCGCGCGAGUCGUCUGGGCAUAAUGAGCCACAGGUUGGAAGUAU UGCUUCACUUGGCCGCAUCGUCCUCCC- 3' |
|
Фракция III аптамер 2 |
5'-CAGACGACUCGCGCGAGUCGUCUGGCUCGAGCUAGGCUGUGCAUUCGCAACC ACUCACAUCGAACCGCAUCGUCCUCCC- 3' |
|
Фракция III аптамер 3 |
5'-CAGACGACUCGCGCGAGUCGUCUGGGCACGCGGAAAGACGACGAGCCGUGGC AUCGUAGCUCAACCGCAUCGUCCUCCC- 3' |
|
Фракция III аптамер 4 |
5'-CAGACGACUCGCGCGAGUCGUCUGGGGAGGGGAGUAGCUUUUCCGAUGGAG ACUGAAUGCUCCACCGCAUCGUCCUCCC- 3' |
|
Фракция III аптамер 5 |
5'-CAGACGACUCGCGCGAGUCGUCUGGCGGGGGCCGCGGCAGGCAUGAACGAUG CAACUCAUCAGACCGCAUCGUCCUCCC- 3' |
|
Фракция III аптамер 6 |
5'-CAGACGACUCGCGCGAGUCGUCUGCGGGUAAACAAGGGUGGGGCAGAGAUG UACUCAGAAAACACCGCAUCGUCCUCCC- 3' |