Изучение эффективности связывания обогащенной 2'-F-модифицированной РНК-библиотеки с поликлональными аутоантителами

Измерение констант диссоциации комплексов аутоантител с исходной и обогащенными 2'-F-модифицированными РНК-библиотеками было проведено в соответствии с протоколами [54, 161] (п. 2.3.9.). Первоначально нами было проведено “пробное” измерение Kd комплексов аутоантител с исходной 2'-F-модифицированной РНК-библиотекой согласно протоколу [54]. Исходя из полученных данных, была определена область концентраций аутоантител, в которой происходит диссоциация их комплекса с исходной 2'-F-модифицированный РНК-библиотекой, и проведено повторное измерение Kd данного комплекса. Аналогичным образом было проведено измерение Kd комплексов аутоантител с 2'-F-модифицированной РНК-библиотекой после 6-го и после 10-го раундов отбора. Данные, использованные для расчета Kd комплексов аутоантител и 2'-F-модифицированных РНК-библиотек (табл. 4), описывали приведенным ниже уравнением [161]:

f = С·(Kd + [RNA] + [P] - ((Kd + [RNA] + [P])2 - 4·[RNA]·[P])0.5)/(2·[RNA]),

где [P] - концентрация аутоантител; [RNA] - концентрация 2'-F-модифицированной РНК-библиотеки; f - доля связавшихся олигонуклеотидов; Kd - константа диссоциации комплексов 2'-F-РНК с аутоантителами; С - константа эффективности связывания комплексов аутоантител и 2'-F-олигорибонуклеотидов с нитроцеллюлозными фильтрами.

Используя полученные данные, находили константу С. Отношение f/С давало fнорм - нормированное значение доли комплексов 2'-F-РНК с аутоантителами. Нормированные данные описывали тем же уравнением, принимая С равной 1, и находили Kd (табл. 5).

Таблица 4. Расчетные данные для измерения Kd комплексов аутоантител и 2'-F-модифицированных РНК-библиотек: 1) исходной; 2) после 6-го раунда отбора; 3) после 10-го раунда отбора.

) 2) 3)